In einer Villa in der Nähe der Stadt Raccoon City erwacht eine junge Frau – Alice – aus einer Bewusstlosigkeit und kann sich vorerst an nichts mehr erinnern. Ein Mann – Matt Addison – taucht auf, kurz darauf stürmt ein bewaffnetes Team die Villa und nimmt beide durch einen versteckten Zugang zu einem unterirdischen Zug mit. Dort finden sie den ebenfalls bewusstlosen Spence, der anscheinend der Ehemann von Alice ist. Als auch dieser zu sich kommt, erfahren sie, dass die Villa der getarnte Noteingang zum Hive ist, Alice und Spence als Sicherheitskräfte der Umbrella Corporation den Eingang beschützen sollten und ihre Ehe lediglich Tarnung ist. Ihr Gedächtnisverlust ist die Auswirkung eines Nervengases, welches durch Aktivierung des Sicherheitssystems der Red Queen versprüht wurde. Der Zug unterhalb der Villa führt zum Hive, der direkt unterhalb der Stadt Raccoon City liegt. Das Team hat die Aufgabe, den anscheinend außer Kontrolle geratenen Zentralcomputer Red Queen abzuschalten.

Um einen Fluchtweg an die Oberfläche zu finden, müssen sie die Red Queen befragen und deshalb wieder aktivieren. Unter Androhung der endgültigen Abschaltung gelingt es ihnen, Informationen über einen Fluchtweg durch Versorgungsschächte zu erhalten. Nachdem sie wieder im Labor angekommen sind, erlangt Alice langsam ihr Gedächtnis zurück, und sie erinnert sich, dass es ein Gegenmittel zum T-Virus gibt und wo es gelagert wurde. Das Gegenmittel ist jedoch nicht mehr da. Wie sich bald herausstellt, ist Spence dafür verantwortlich: Er ist der Unbekannte, der auch das T-Virus stehlen wollte.